MI DataLab

Medical Imaging Data Science Laboratory : un espace HPC sécurisé dédié aux chercheurs

Dans le cadre d’une étude, des analyses spécifiques des images ophtalmiques sont souvent nécessaires. Afin d’effectuer ces analyses, les images sont extraites une par une du serveur de notre Hôpital. L’anonymisation de ces images est très difficile à garantir, car les formats non standardisés rendent difficile la suppression de la totalité des données sensibles présentes dans les images. De plus, il n’existe pas d’archivage centralisé de ces images pour des fins de recherche. Pour chaque étude, ces mêmes images peuvent donc être réextraites, retravaillées et stockées dans divers endroits sur le réseau de la Fédération des Hôpitaux vaudois informatique et de l’Hôpital ophtalmique Jules-Gonin. La gestion de ces données représente donc une duplication du travail et une consommation importante du stockage.

De ce fait, l’objectif du projet SOIN est de créer un lieu dédié au stockage et au retraitement des données, spécifique aux besoins de la recherche, qui respecte les droits des patients, et qui facilite la gestion des données « data management plan » (lien ?). En 2020, cet environnement de recherche a été créé dans le data warehouse (CoreIT) à la Swiss Institute of Bioinformatics. CoreIT est relié à deux autres nœuds en Suisse (BioMedIT). Grâce à cette infrastructure, les données sensibles peuvent être transférées de manière sécurisée et cryptée depuis les institutions fournissant des données (par exemple, les hôpitaux) vers le réseau BioMedIT, et mises à disposition des chercheurs dans un environnement avec les outils adaptés afin de réaliser des études.

Dès que le consentement du participant est signé et enregistré dans la plateforme, les images et données médicales sont extraites, encodées et transférées de manière automatisée depuis notre Hôpital jusqu’à l’espace projet dédié dans le réseau BioMedIT. Il peut s’agir du consentement général ou d’un consentement spécifique. En fonction du consentement et des caractéristiques du participant, les données peuvent être attribuées à une, plusieurs, ou même aucune étude en cours. Ensuite, les données encodées sont directement disponibles dans un format exploitable pour les chercheurs dans le cadre de leur étude. Aucune copie supplémentaire n’est autorisée.

Un lien unidirectionnel est maintenu entre l’environnement des participants, de la clinique et de la recherche. Grâce à ce lien, dès que le participant modifie son statut de consentement sur l’application web, une séquence de modifications s’enclenche. Ces modifications sont importées dans l’environnement clinique, encodées (avec la même clé), puis transférées au BioMedIT. Ensuite, l’état du dossier du participant est mis à jour et, en fonction du nouveau statut, les filtres électroniques permettent la suppression ou l’accès futur à ses données.

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